又到一年一度国自然申请的时刻，予果生物来 助力国自然标书申请 啦。
“ 宏基因组测序 ”，“ 生信分析 ”，“ 罕见微生物 ”，“ 核酸 ”等国自然热点，在这里都可以实现！只需简单的标本搜集，即可获得高通量数据，丰富国自然标书 前期研究基础内容 ， 启发科研选题思路 ， 提供专业可靠数据 。下面让我们一起来了解一下 病原测序的研究前沿 吧！
本系列由予果生物中美科研团队筛选，精挑细选了2019年病原测序的必读文章，
今日推送第三辑：骨关节感染与耳鼻喉系统专辑
（五）骨关节感染文献共享
（1）英文题目：Arthritis caused by Legionella micdadei and Staphylococcus aureus: metagenomic next-generation sequencing provides a rapid and accurate access to diagnosis and surveillance（2019）
中文翻译：米克达德军团菌和金黄色葡萄球菌引起的关节炎：宏基因组二代测序快速并准确对其诊断和监测
发表杂志：Annals of Translational Medicine
IF：3.689
单位：复旦大学附属中山医院传染病科
文章类型：病例报告
关键词：关节炎、军团菌、高通量测序
文章主题：本文报道一位54岁男性，因使用口服类固醇治疗系统性红斑狼疮(SLE)而导致军团菌与金黄色葡萄球菌混合感染的病例。关节抽吸液培养检测到金黄色葡萄球菌。宏基因组测序(mNGS)鉴定米克达德军团菌和金黄色葡萄球菌均存在。口服左氧氟沙星54天后，患者症状改善，血检结果改善，符合mNGS数据中reads数的动态趋势。mNGS可作为快速和准确病因诊断和监测的工具，有助于抗菌药物的及时调整。
（2）英文题目：Evaluation of the CosmosID Bioinformatics Platform for Prosthetic Joint-Associated Sonicate Fluid Shotgun Metagenomic Data Analysis.（2019）
中文翻译：CosmosID生物信息平台用于宏基因组分析人工关节相关超声液体的评估
发表杂志：Journal of Clinical Microbiology
IF：4.959
单位：罗彻斯*马特**约诊所检验医学与病理学研究中心临床微生物学系
文章类型：方法学
关键词：宏基因组、人工关节感染、抗生素耐药、超声液体
文章主题：本研究通过对之前研究的408份超声液体进行宏基因组测序，用以评估CosmosID生信平台检测细菌和抗生素耐药性基因，预测葡萄球菌的抗菌敏感性。宏基因组分析在培养阳性的超声液体里有94.8%(109/115)检测到细菌，超声液体培养阴性里有37.8%(37/98)。宏基因组分析显示，预测葡萄球菌抗菌耐药性的敏感性为65.7~85.0%。CosmosID生信平台可以为人工关节感染诊断提供快速、可信的细菌检测和鉴定。
（3）英文题目：Diagnosis of Periprosthetic Joint Infection: The Potential of Next-Generation Sequencing.
中文翻译：人工关节周围感染诊断：二代测序的潜力
发表杂志：journal of bone and joint surgery
IF：4.716
单位：托马斯杰斐逊大学罗斯曼研究所
文章类型：前瞻性研究
关键词：人工关节感染、二代测序、诊断
文章主题：本研究收集65例(39例膝关节和26例髋关节)修复性关节成形术和17例(9例髋部和8例膝关节)原发性关节成形术的样本，对滑膜液、深层策划和拭子进行二代测序。同时对深部策划标本进行培养。结果表明，28例修复术确诊为感染，培养阳性17例(60.7%)，二代测序阳性25例(89.3%)，15例二代测序与培养结果一致。二代测序可能成为鉴定培养阴性的假体周围感染病原体的辅助手段。
（六）耳鼻喉及眼部感染相关文献共享
（1）英文题目：Clinical metagenomics for infectious corneal ulcers: Rags to riches?
中文翻译：感染性角膜溃疡的临床宏基因组学：由俭入奢？
发表杂志：Ocular Surface IF=9.108
单位：美国马萨诸塞州波士顿哈佛医学院眼耳科
文章类型：综述
关键词：临床宏基因组；二代测序；感染性角膜溃疡；微生物性角膜炎
文章主题：临床宏基因组学作为一种无偏见、非假设的诊断检测方法的出现，将从根本上改变检测传感染性疾病的方式，二代测序方法可以解决基于培养的传统微生物学检测的局限性。在眼科学领域，感染性角膜溃疡治疗对这项技术的需求尤为迫切，目前的诊断方法可能在半数以上的病例中无法识别致病微生物。本篇综述中，作者概述了感染性角膜溃疡中，基于培养的传统微生物学检测方法和宏基因组二代测序技术，以及临床宏基因组学在临床护理中的解释和实施及其固有障碍。
（2）英文题目：Human encephalitis complicated with bilateral acute retinal necrosis associated with pseudorabies virus infection: A case report.
中文翻译：人脑炎合并双侧急性视网膜坏死与伪狂犬病病毒感染相关：1例病例报告
发表杂志：international journal of infectious diseases，IF=3.538
单位：山东大学齐鲁医院眼科
文章类型：病例报告
关键词：急性视网膜坏死；二代测序；假狂犬病病毒；病毒性脑炎
文章主题：本文报告了一个在直接接触患病猪后，患有病毒性脑炎和肺部感染合并双侧急性视网膜坏死的病例。对患者玻璃体液和脑脊液进行二代测序，同时检测到伪狂犬病病毒（PRV）。静脉注射阿昔洛韦和地塞米松改善了脑炎症状，玻璃体切割手术加硅油填塞以治疗视网膜脱离。此病例表明，PRV可感染人类，因此，与动物接触时须进行自我保护。
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关于予果生物
予果生物是中国最早深耕于病原感染诊断的企业之一，也是科技部十三五国家重点研发项目中唯一的病原宏基因组测序企业。公司核心团队在基因测序领域经验丰富，曾参与人类微生物组计划，近十年发表学术文章累计影响因子超过600。予果生物自主研发的云端AI病原微生物数据分析系统PACE，具备国际领先水平，可将测序大数据和临床大数据进行深度整合，囊括超高维度特征值分析和过滤模型，可进行多组学、跨物种的基因组大数据研究和应用，实现了检测结果准确率超过80%的巨大竞争优势。
北京总部研发中心近4000平米；在西安建立了西北地区最大的测序中心，P2级别生物安全实验室具备临床基因扩增检验资质；在北京、广州、上海、南京运营基因测序实验室和GMP厂房；并于2020年5月获授牌“北京国家新一代人工智能创新发展试验区-智能测序场景开放实验室”，与高校建立泛基因组联合实验室，建有国内最大的病原基因组和泛基因组数据库，与上海市实验医学研究院合作共建，助力我国实验医学在人类重大疾病、传染病和疑难病的病原精准诊断。
予果生物与临床医疗专家、检验科专家、耐药基因研究专家建立深度合作，已为全国超过400余家三甲医院提供临床检测、筛查、咨询服务。累计完成近5万例样本的检测，样本总数位居全球前列，其中脑脊液检测量位列全球第一。